وضعیت مهاجران افغانستانی در تاجیکستان به‌ویژه در سه سال اخیر، با نگرانی‌ها و ابهام‌های فزاینده‌ای همراه بوده است. افزایش روند اخراج مهاجران افغانستانی از کشورهای همسایه، از جمله پاکستان و ایران، هم‌زمان با گزارش‌هایی از تشدید اخراج‌ها در تاجیکستان، پرسش‌های جدی را دربارهٔ آینده و سرنوشت این مهاجران مطرح کرده است.
روند اخراج مهاجران افغانستانی از پاکستان و ایران به‌صورت گسترده آغاز شد و همچنان ادامه دارد. در تاجیکستان نیز وضعیت اقامت و آیندهٔ شماری از شهروندان افغانستان با دشواری‌ها و بلاتکلیفی روبه‌رو است. گزارش‌های موجود از افزایش نگرانی‌ها دربارهٔ ادامهٔ حضور مهاجران افغانستانی در این کشور حکایت دارد.
بر اساس اطلاعات ارائه‌شده، در حال حاضر هیچ شهروند افغانستانی دارای پروندهٔ مهاجرتی در شهر خجند زندگی نمی‌کند. گفته می‌شود پس از آن‌که یک شهروند افغانستان در ارتباط با پروندهٔ قتل یک زن تاجیکستانی مجرم شناخته شد، شماری از خانواده‌های افغانستانی از شهر خجند به‌گونهٔ اجباری اخراج شدند. این رویداد بر وضعیت اقامت سایر مهاجران نیز تأثیر گذاشت و نگرانی‌ها را در میان آنان افزایش داد.
همچنین، گزارش‌هایی از ثبت دو رویداد قتل یا خودکشی در شهر وحدت در سال گذشته منتشر شده است؛ رویدادهایی که به گفتهٔ برخی منابع، بر تشدید نگرانی‌ها و فشارها علیه مهاجران افغانستانی تأثیر گذاشته‌اند.
در کنار این تحولات، برخی گزارش‌ها حاکی از آن است که حکومت طالبان بر کشورهای همسایهٔ افغانستان فشار وارد می‌کند تا زمینهٔ اخراج شهروندان افغانستانی را فراهم سازند. به باور برخی ناظران، طالبان ممکن است حضور مهاجران در کشورهای همسایه و تحولات اجتماعی مرتبط با آنان را در چارچوب تلاش‌های خود برای کسب مشروعیت و به‌رسمیت‌شناخته‌شدن حکومت این گروه ارزیابی کنند

با وجود این نگرانی‌ها، شماری از افغانستانی‌های مقیم تاجیکستان همچنان به فعالیت‌های فرهنگی، آموزشی و اجتماعی مشغول‌اند و در چارچوب شرایط موجود، رفت‌وآمد می‌کنند. فعالیت‌های فرهنگی و آموزشی برای بسیاری از آنان فرصتی است تا ارتباط خود را با زبان، هویت و فرهنگ مشترک حفظ کنند و در عین حال، به زندگی روزمرهٔ خود ادامه دهند.

در مجموع، وضعیت مهاجران افغانستانی در تاجیکستان پرسشی اساسی را پیش روی آنان قرار داده است: آیا این کشور می‌تواند برای آنان خانه‌ای امن و دایمی باشد، یا مهاجرت همچنان به معنای زندگی در انتظار، نگرانی و بلاتکلیفی خواهد ماند؟ پاسخ به این پرسش به سیاست‌های اقامتی، وضعیت امنیتی، همکاری‌های منطقه‌ای و میزان حمایت نهادهای مسئول از حقوق و کرامت انسانی مهاجران بستگی دارد.